其实我们也都知道现在的论文出版物中 first author 与 corresponding author：first author (第一作者) 是论文主要完成者，参与论文实验构思，设计，实验，总结，论文撰写；corresponding author（通讯作者）现在也一般是一作导师，但有时还是会出现 senior author，senior author是一作还是通讯作者呢？

查阅了下一些杂志的 guideline，弄明白了是怎么回事。senior author 一般是实验室的负责人，国外叫 PI，我们叫老板。该论文主要工作在该实验室内完成，senior author 整体负责协调了整个实验项目的开展，当然，如果该论文由多个实验室合作完成，可能也会有多个 senior author 。但不管怎样，senior author 对整个论文质量负责。

senior author 与 corresponding author 的关系？其实，在过去，可能是有 senior author 与 corresponding author 之分的，但 senior author 仍是对整个论文质量负责，corresponding author 未必，只是负责一些日常的实验方法，材料，论文抽印本（reprint）咨询联系索取等，所以我们现在有时也可以看到第一作者也可以是 corresponding author。

现在，senior author 和 corresponding author 差不多是一个概念，并且，senior author 都说成 corresponding author。但是，如果要看哪个是 senior author，往往排在最后一个，所以，由于“某种原因”，如果你想使自己的作者署名顺序提前，你可以是 corresponding author，但你不会成为 senior author，哈哈！

延伸阅读:

• 无相关日志

关于 PLoS 系列期刊, Open Access 及影响因子

PLoS 系列期刊作为 OA (Open Access) 新型期刊的典范, 早已不 care 所谓的影响因子了, 在这个 web 2.0 的时代, PLoS 系列期刊也开始将传统意义上的论文之间的 citation 概念扩展了, 感兴趣的可以具体参考我以前写的另外一篇英文文章, 对此进行过详细介绍.

一些在国内本土创办的国际性学术期刊, 最起码, Open Access 的理念值得学习, 就像软件的 Open Source 概念与精神.

另附:

延伸阅读:

• 影响因子崇拜：评价科研论文莫入误区 (0)
• [转]2007年大陆高校发表IF>10高水平生物医学论文统计 (0)
• SCI影响因子2010/2009下载查询 Impact Factor 2010 Excel PDF (4)
• Cell Research 影响因子再创新高, JMCB还远吗 (1)
• Cell Research 2008最新影响因子超过4 (0)

生物信息学导论：理论与实践方法《Introduction to bioinformatics: A Theoretical and Practical Approach》

简评: 生物芯片和其他大量科学技术的出现，导致基因组革命的兴起，同时产生了大量复杂的生物学数据。我们要想从这些海量的数据中得到有用的信息，就必须对数据进行整理、加工、分析。生物信息学正是顺应这一需要出现的。在《生物信息学导论：理论与实践方法》一书中，介绍了重要的生物学、数学、统计学和计算机概念和工具。物理学家和生命科学工作者在理解和分析数据时，这些概念和工具必不可少。

对物理学家和计算机学家来说，该书提供了一个很好的生物学背景知识，可以帮助他们理解生物学家运用计算机工具时所提的问题。例如，书中讲述了细胞的基本结构，基因组的生物学意义，影响基因远距离调控的元件，疾病的分子遗传机理等。此外，书中还收集了临床人类遗传学综述，各种临床数据库，及群体遗传学中相关的观点。

同时，该书还为生物科学家介绍了支持多种高级计算机工具的UNIX操作系统，及基于UNIX系统的工具的安装和管理，使生物科学家在应用计算机时如鱼得水。

而该书的应用部分则为生物学家和物理学家提供了一个交流的平台。在这里，他们可以找到处理和分析各种生物数据的例子，如DNA测序工程、作为统计模式数据的DNA模建、探索模式的各种方法、蛋白质可视化，运用多序列对比推测功能和结构的生物学关系等。
总之，该书为生物、数学、计算机和统计学科学家提供了一个跨学科交流的平台，使得我们可以运用先进的计算机知识阐述遗传密码和整个生物学系统的精妙之处。

DNA-蛋白质相互作用:原理和方法《DNA-Protein Interactions: Principles and protocols》

简评:DNA-蛋白质相互作用是生命存在的基本形式，是生命的延续和进化的物质基础。了解DNA—蛋白质的相互作用是了解生物生长、发育、分化、进化和疾病的基础，它对生物技术业的作用也愈加重要了。在《DNA蛋白质相互作用:原理和方法》一书中，Tom Moss博士汇集了鉴别关键蛋白质—DNA相互作用的前沿技术，详细说明了它们的实验方案。这些实验方案可用于探索蛋白-DNA在细胞和试管水平的相互作用的性质及其的作用方式。每一种实验方案都经过了优化并通过权威学者的实验。为了让读者少走弯路，书中提供了详细的实验注意事项及替代策略。这些技术涉及范围广，从转录因子与DNA相互作用的鉴定到详细的分子作用机制；包括多种DNA足迹体外体内分析，凝胶迁移率分析，SELEX，表面等离子共振技术，位点专一的DNA-蛋白质交联，以及紫外交联等。书中也介绍了人工设计蛋白质来识别已知DNA序列的技术，蛋白质进行位点专一的DNA切割，确定蛋白质结构的核蛋白的2D半晶体点阵技术等。
《DNA蛋白质相互作用:原理和方案》提供了上百种新的易重复的技术，可以作为一本实验技术参考手册。它特别适合于研究DNA—蛋白质的相互作用的生化学家和分子、细胞、发育生物学家。

基因调控剖析—–三维结构分析《Anatomy of Gene Regulation: A three-Dimensional Structural Analysis》
简评:现在，对分子结构的剖析不再停留在简单的线性描述上，取而代之的是多维的、彩色的、形象逼真的图画。甚至，分子间的相互作用也可以用分子结构来显示。在《基因调控剖析—三维结构分析》一书中，核酸分子及其相互作用的蛋白质都以彩色的三维结构显示出来，它通过三维分子结构来剖析基因调控的组成成分和过程，在基因调控分析方法方面开了先河。
首先，书中对3-D结构作了总体介绍。接着，对有着高度组织的基因组、DNA和端粒结构、DNA的复制、转录、mRNA剪切加工、修饰、转录元件、蛋白质的合成及降解等都作了详细的讲述。全书侧重于从遗传学和结构力学的角度来阐述问题。简洁明了的描述，独特的结构组织，有助于读者更好的理解基因调控，理解从调控水平上治疗疾病的方法学的发展。
该书收集了大量的结构信息。美丽的、充满启发性的三维图画，汇聚了多年的遗传学和生物化学研究成果，适合于遗传学、分子生物学、结构生物学及生物化学专业的本科生和研究生。同时它也可以作为生物老师的教学参考书。如果生物老师在教学中整合DNA、RNA、蛋白质结构信息，学生将更容易的理解分子相互作用和动力学过程。

生物信息学中的进化计算《Evolutionary Computation in Bioinformatics》
简评:基因组革命在短短几年内产生了大量的数据，增加了生物学家解释这些数据的难度。特别是生物领域中有些数据是如此的庞大、复杂，以至用常规的方法很难处理。从事进化计算的学者注意到了这些问题。他们意识到了进化计算处理海量、复杂的数据并提供合理解释的巨大潜能。但是，尽管进化计算学者对生物学问题表示了极大的关注，生物科学家并不一定能意识到进化计算的作用，并能应用它来解决问题。该书正是顺应这一需要而编写的。它在计算机科学和生物学之间搭起了桥梁，为这两个领域的工作者提供了权威的参考。Gary Fogel和David Come 均是这些领域的知名学者，他们为计算机学家介绍了生物信息学，同时，也为生物学家和计算机学家介绍了进化计算知识。

该书的各个章节均是由计算机学和生物学领域的前沿学者撰写，讲述了进化计算在多个领域的巨大作用。他涵盖了以下主体：信息学和进化计算的概念；进化计算分析基因组序列的方法；蛋白质折叠，多肽结构预测分析；蛋白质结构对齐分析；运用遗传算法进行多序列比较；运用进化神经网络确定DNA的编码区；运用进化算法分析生物芯片数据，DNA的编码区；机体的代谢途径和基因调控分析；疾病中遗传和环境互作现象，药物设计等等。

该书为计算机学家、生物学家、信息学领域的工程师和科研人员提供了应用进化计算的重要资源。同时也为他们提供了一个生物数据资源的详细附录。

生物芯片初级教程：基因表达和数据分析《Microarray：Gene Expression Data Analysis》
简评:弄清基因表达模式，将可以解释很多生物现象：从疾病的产生到对刺激的应答，到不同细胞类型的潜在差别，及阐明基因的功能。但机体中基因表达模式是复杂的，若能同时检测这些基因的表达状况，则能大大加快生物学的发展。生物锌片正是顺应这一需要产生的。它能同时检测成千上万中基因的表达情况。但是每次生物锌片实验都能产生大量的数据，如何对这些数据进行存储，管理和分析，对以前没有处理过此种类型和数量数据的生物学家来说是一个极大挑战。同时，他们在数据分析时也将面临的一些术语问题。

为了解决这些问题，该书为将要做生物锌片实验的研究者提供了一些建议。如何设计生物锌片实验，得到数据之后怎么分析，该书都给出了详细的指导。该书不是试图代替生物信息学或统计学，而是解释了在基因表达分析时涉及到一些概念和原理，同时给出合理的实验设计方案。同时，它也为那些需要分析生物锌片数据的统计学家、生物信息学家、计算机学家提供了很好的生物学背景知识。

该书侧重于基本的概念和方法的讲述，尽量把数学的复杂性降低到最小。其行文简洁明，可作为一本生物锌片的初级教程。适合于研究生和生物信息工作者。

延伸阅读:

• 谷歌Google书籍搜索API应用接口工具发布:图书下载搜索方便 (6)

一个系统不可想象的复杂性在于简单元件的因果互作及整合。生物系统亦如此。生物系统传统研究方法倾向于还原乱，强调数据的量化，如对于某一刺激或处理后，某物质浓度变化的时间依赖性。计算机在处理和对这些数据建模过程中至关重要。因此，计算系统生物学目标是构建对环境或内部刺激的精确实时模型(real-time models),如利用癌细胞模型来发现信号转导通路环节中的缺陷，利用离子通道突变模型来研究对肌细胞的影响以及心脏的功能。

系统生物学两种重要语言是SBML(Systems Biology Markup Language)和CellML ，从该连接可获得很多计算系统生物学中应用的软件。(From Wikipedia)

推荐参考阅读文献：

• Albert-Laszlo Barabasi & Zoltan N. Oltvai (2004). “Network Biology: Understanding the Cell’s Functional Organization”. in: Nature Reviews Genetics 5 101-115
• Markus W. Covert, Christophe H. Schilling and Bernhard Palsson (2001). “Regulation of Gene Expression in Flux Balance Models of Metabolism”. in: J. theor. Biol. 213, 73-88.
• Markus W. Covert and Bernhard Ø. Palsson (200). “Transcriptional Regulation in Constraints-based Metabolic Models of Escherichia coli”. in: J. Biol. Chem., Vol. 277, Issue 31, 28058-28064, August 2.
• J. S. Edwards and B. O. Palsson (2000). “The Escherichia coli MG1655 in silico metabolic genotype: Its definition, characteristics, and capabilities”. in: PNAS, Vol. 97, Issue 10, 5528-5533, May 9.
• Jeremy S. Edwards, Rafael U. Ibarra, and Bernhard O. Palsson (2001). “In silico predictions of Escherichia coli metabolic capabilities are consistent with experimental data”. In: Nature Biotechnology, February Volume 19 Number 2 pp 125 – 130.
• D. A. Fell (1998). “Increasing the Flux in Metabolic Pathways: A Metabolic Control Analysis Perspective”. in: Biotechnology and Bioengineering, vol. 58, April 20/May 5.
• L H Hartwell, J J Hopfield, S Leibler & A W Murray (1999). “From molecular to modular cell biology”, in: Nature 402, C47 – C52)
• Trey Ideker, Timothy Galitski, Leroy Hood (2001). “A New Approach To Decoding Life: Systems Biology” in: Annual Review of Genomics and Human Genetics Sep 2001, Vol. 2: 343-372.
• H. Kitano (2002). “Computational systems biology” in: Nature 420, 206 – 210 .
• H. Kitano (2002). “Systems Biology: A Brief Overview”, in: Science, 295, 1662-1664.
• H. Kitano (2002). “Looking beyond the details: a rise in system-oriented approaches in geneticsand molecular biology” in: Curr Genet. 2002 Apr;41(1):1-10, PMID: 12073094
• H. Kitano (2002). “Overview of the Alliance for Cellular Signaling”, in: Nature, 420, 703 – 706 (12 December).
• Bernhard Ø. Palsson (2006), Systems Biology – Properties of Reconstructed Networks. . Cambridge University Press.
• Kauffman KJ, Prakash P, and Edwards JS.(2003). “Advances in Flux Balance Analysis”. in: Current Opinion in Biotechnology, 14(5): 491-496.
• Dennis Vitkup, and George M. Church (2002), Analysis of optimality in natural and perturbed metabolic networks. PNAS, November 12, vol. 99, 15112-15117.
• Mary C. Wildermuth (2000). “Metabolic control analysis: biological applications and insights”. Genome Biology Minireview.

延伸阅读:

• IT,BT?微软系统生物学研究中心(转) (0)
• BIO-X:生物学交叉学科研究的一个新时代 (0)

英文解释：The basic region-leucine zipper (bZip) DNA-binding proteins, which consist of a basic DNA-binding region and leucinezipper dimerization domain, constitute a major class of eukaryotic transcription factors.(from: Takashi Sera and Peter G. Schultz*. In vivo selection of basic region-leucine zipper proteins with altered DNA-binding specificities.PNAS, Vol. 93, Issue 7, 2920-2925, April 2, 1996)

推荐中文文献阅读：路子显,常团结,刘翔,朱祯. 植物碱性亮氨酸拉链(bZIP)蛋白的研究进展(一)——结构、分类、分布和同源性分析.  《遗传》2001年06期.  PDF下载

碱性亮氨酸拉链(basic leucine zipper ,bZIP) 蛋白是真核生物的转录因子和阻抑蛋白中最大而且最保守的类型之一[1]。迄今为止,分子克隆研究证明,bZIP 蛋白分布在从高等植物至哺乳动物等不同的真核生物物种之中[2]。在植物中,bZIP蛋白与种子贮藏基因表达、光形态发生及器官建成的控制相关[3～6]。随着对植物bZIP 蛋白的研究全面开展,发现它们在高等植物中普遍存在。本文通过对植物bZIP 蛋白的结构、分类、分布和同源性的介绍,以便加深人们对这类蛋白质的认识,从而促进对植物bZIP 蛋白研究的重视。

延伸阅读:

• 无相关日志

早在1910年，摩尔根(Thomas Hunt Morgan)就选用黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)作为他的遗传研究对象，并且从众多的突变中获得了一个至关重要的遗传突变，果蝇的白眼现象（野生型为红眼）。由于个体微小，易于麻醉和操作，生长周期短(10~12 d)，饲养简单，且遗传背景清晰，一个世纪以来，果蝇都是被用来研究遗传发育及行为生物学的理想模式生物。值得一提的是，相关的突变体可以很方便地从一些果蝇保存机构如印第安纳大学伯明顿果蝇保存中心(Bloomington Drosophila Stock Center, Indiana University)、亚利桑那大学图森果蝇保存中心(Tucson Drosophila Stockcenter, University of Arizona)购买，相关遗传信息也可以从NCBI(National Center for Biotechnology Information)、FlyBase(http://flybase.bio.indiana.edu/)、BDGP(Berkley Drosophila Genome Project, http:// www.fruitfly.org/)等网站获取。

果蝇为完全变态发育，生长周期包括：产卵孵化期(egg/embryo, 0~1 d)、幼虫期(larval, 2~5 d)、成蛹期(pupa, 7 d)、羽化期(eclosion, 11~12 d)，其中幼虫期分三龄(three instars): 一龄期(2 d), 二龄期(3 d), 三龄期(4~5 d)，三龄期后开始爬壁，雌性果蝇羽化8~12 h后性成熟，以上培养温度21~23℃。果蝇有3对常染色体和一对X/Y染色体，每条染色体分为左右臂(L/R arm)，整个染色体组被标记为102个区段，即X(1-20)，2L(21-40)，2R(41-60)，3L(61-80)，3R(81-100)，和4 (101-102)。

睡到自然醒推荐参考阅读文献：

Rubin GM, Lewis EB. A brief history of Drosophila’s contributions to genome research. Science, 2000, 287(5461):2216-8.

关于这篇文献，以后会做详细介绍。

update,2008-5-12:模式生物-果蝇对基因组研究的贡献概述

延伸阅读:

• 生命科学研究中常见模式生物简介 (3)
• 毕业纪念个性T恤设计效果图 (7)
• 模式生物与发育生物学-童话般的科学故事 (0)
• 模式生物-果蝇：生命科学的功臣 (0)
• 模式生物-果蝇对基因组研究的贡献概述 (3)