睡到自然醒blog

研究蛋白-蛋白相互作用是理解生命活动的基础。蛋白质—蛋白质互作网络是生物信息调控的主要实现方式，是决定细胞命运的关键因素。检测蛋白质间相互作用的实验方法有哪些？(补充：研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结1)这些检测方法各有什么优缺点？总结如下。

1. 生化方法

●共纯化、共沉淀，在不同基质上进行色谱层析（需要补充）

●蛋白质亲和色谱  基本原理是将一种蛋白质固定于某种基质上（如Sepharose），当细胞抽提液经过改基质时，可与改固定蛋白相互作用的配体蛋白被吸附，而没有吸附的非目标蛋白则随洗脱液流出。被吸附的蛋白可以通过改变洗脱液或者洗脱条件而回收下来。

GST pull down技术：为了更有效的利用蛋白质亲和色谱，可以将待纯话的蛋白以融合蛋白的形式表达，即将”诱饵“蛋白与一种易于纯化的配体蛋白融合。例如与GST融合的蛋白再经过GSH的色谱柱时，就可以通过GST和GSH的相互作用而被吸附。当载有细胞抽提物经过柱时，就可以得到能够与“诱饵”蛋白相互作用的目标蛋白了。       

Epitope-tag技术：表位附加标记技术  就是将附加的抗原融合到目的蛋白以检测目的蛋白的表达，同时还可以通过亲和层析法来纯化目的蛋白。 缺点：表位附加标记可能会使融合蛋白不稳定，改变或使融合蛋白功能丧失。       

以上两种方法都要共同的缺点：假阳性。实验所检测到的相互作用可能时由蛋白质所带电荷引起的，并不是生理性的相互作用；蛋白的相互作用可能并不是直接的，可是由第三者作为中介的；有时会检测到两种在细胞中不可能相遇却有极强亲和力的蛋白。因此实验结果还应经其他方法验证。

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推荐一些生命科学方面的国外优秀教材，尤其是生物信息学，生物芯片等现代生命科学研究技术介绍。如果你感兴趣，可以到图书馆查询看看图书馆又没购买，这类教科书尤其是影印版的实在太贵了，像俺们穷学生买不起呀。

生物信息学导论：理论与实践方法《Introduction to bioinformatics: A Theoretical and Practical Approach》

简评: 生物芯片和其他大量科学技术的出现，导致基因组革命的兴起，同时产生了大量复杂的生物学数据。我们要想从这些海量的数据中得到有用的信息，就必须对数据进行整理、加工、分析。生物信息学正是顺应这一需要出现的。在《生物信息学导论：理论与实践方法》一书中，介绍了重要的生物学、数学、统计学和计算机概念和工具。物理学家和生命科学工作者在理解和分析数据时，这些概念和工具必不可少。

对物理学家和计算机学家来说，该书提供了一个很好的生物学背景知识，可以帮助他们理解生物学家运用计算机工具时所提的问题。例如，书中讲述了细胞的基本结构，基因组的生物学意义，影响基因远距离调控的元件，疾病的分子遗传机理等。此外，书中还收集了临床人类遗传学综述，各种临床数据库，及群体遗传学中相关的观点。

同时，该书还为生物科学家介绍了支持多种高级计算机工具的UNIX操作系统，及基于UNIX系统的工具的安装和管理，使生物科学家在应用计算机时如鱼得水。 阅读全文 »

还记得去年(也就是2007年统计的2006的影响因子)Cell Research(中科院上海生科院(SIBS)生化细胞所主办)的影响因子还不到3.5，今年(也就是2008年统计的2007的影响因子)Cell Research的impact factor一举突破超过4，令人兴奋。咱们自己主办的期刊IF提高，不仅说明期刊编辑水平的提高与被认可，也从另一个侧面说明了我国生命科学研究取得了长足的进步，在国际上享有一定的认同感。
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最近，中国科学院院士王鼎盛对我国物理论文和期刊的情况做了些分析，没想到有了几个意外的发现。 参与《中国物理快报》编辑工作24年，王鼎盛知道国内的作者喜欢把论文投到影响因子较高的期刊，尤其是国外的期刊。一方面是这些作者认为，同样的论文投到影响因子较高期刊可能受到重视的程度更高；另一方面是国内不少机构在评价科研论文的价值时，往往习惯于看它发表在哪个期刊，那个期刊的影响因子是多少，甚至据此发奖金、定职称。 阅读全文 »

论文作者排名不仅在国内，在国外也存在类似不合理的现象，但总的来说国外作者排名还是很公正的，尤其是一些期刊如PNAS要求注明每位作者的contribution。

这是一篇以前贴在msn spaces上的一篇关于论文作者排名先后顺序及规则的文章，打算把那边的文章都转到这边来，本来想翻译一下这篇论文作者排名小短文的，也懒得翻译了，今天又看了一遍，加下注释吧，这篇英语文章还是很容易懂的。以后有时间再说吧。

Authorship issue: overemphasized?
Forum Identity: RD    Thu, 11 May 2006 03:50 PM
affiliation/organization: MD Anderson Cancer Center
author: Rob

研究生不是给老板打工的奴隶
Hmm, well I'll delurk a bit here. I agree with all the PI types regarding the basis for teh conflict. It should come as no shock to grad students and postdocs that they are one step above slaves at this point. Some PIs will treat them as slaves and some won't. I've had a variety of different PIs, and thoroughly enjoy my current PI because I don't feel taken advantage of and I am much more appreciated. I'm now a postdoc after getting a PhD/MS in 8 long years.

论文作者排名的一些规则：规则1，老板制定规则，呵呵，这条说的还是很实在的；规则2，见规则1，呵呵，绕晕了；规则3，老板排在最后并且是通讯作者，毕竟老板买单；规则4，老板愿将谁放在论文上就放；规则5，那些放在论文上的作者往往是亲信，或者大牛，来增加论文的分量，提高接收概率；规则6，第一作者往往是用来激励研究生或博后，或者干脆剥夺成果。 阅读全文 »

过几天就毕业离校了，有很多不舍，今天出去搓了顿饭，这几天也没好好更新内容。翻看以前写的课程论文，顺便把这篇当时仪器分析论文贴上来，纪念下，呵呵。 气相色谱工作基本原理主要就是气相色谱检测器的工作原理了吧，简要综述之。虽然当时写时很大一部分都是摘抄的。 阅读全文 »

随着"人类基因组计划,HGP"的实施，现代生物学在21世纪也进入了一个相应的崭新时代-"后基因组"(post-genome)时代。生物科技的进步也依赖于不同学科不同领域之间的整合(integration)，斯坦福的bio-x计划率先开创了BIO-X时代，致力于交叉学科(interdisciplinary)研究，如斯坦福大学BIOX主页所说，Bio-x at Stanford...To discover..to educate..to invent(发现，教育，发明)。下面这篇关于BIOX的综述文章，推荐一读。

新世纪中推动生物科学发展的bio-x
(作者：张志鸿，复旦大学生命科学学院生理学和生物物理学系 文章来源：生物物理学报)

摘 要：近二年国际上正掀起建立以生物科学为中心的交叉学科研究中心或研究所等实体的热潮。其中最引人注目的是美国斯坦福大学以诺贝尔物理学奖获得者朱棣文教授等人组建的"Bio-X" 研究中心。Bio-X中的Bio 为生物学，X泛指物理学、化学、工程学、医学等其它学科。在新世纪到来之时，生物科学中有不少迅速发展的领域迫切需要多学科交叉共同研究和参与，特别是：后基因组、基于同步辐射的结构生物学、单分子测量、纳米技术、脑科学、生物医学工程等。 阅读全文 »

今天看原来的msn spaces，又读了一遍当时贴的这篇帖子，虽然很老的一篇文章，但它很好的回顾了中国神经科学发展的历史及渊源，再一次看到了很多老一辈中国神经科学创始人的名字，历史是一面镜子，今天，中国神经生物学取得了迅速发展，正如前一篇文章自然子刊社论-Neuroscience grows in China说的，中国神经科学不仅得到了大量资金注入，而且广纳受过西方科研训练的杰出青年科学家，中国神经生物学的春天已经到来。 阅读全文 »