Archive for the ‘生命科学’ Category
酵母蛋白质相互作用网络预测方法
蛋白质-蛋白质相互作用图谱能对细胞功能和蛋白组机制提供有用信息。除了在线预测蛋白相互作用外，通过比较具有相对专一性语义关系的的两基因语义注释(Gene Ontology terms, GO)的相似性，可以得到重建酵母蛋白互作网络图谱的新方法。为了验证这种方法的有效性，利用高置信蛋白互作标准数据校正确认。
基于文本的在线预测蛋白相互作用网站
蛋白质-蛋白质间互相作用(Protein–protein interaction, PPI)信息提取与分析已成为文本提取( bio-text mining,也叫文本挖掘)重要领域，因为这些蛋白-蛋白间互作信息是理解生物过程的关键。目前网络上可利用的开放系统还很少，而且很多是基于单纯的关键词预测方法。
下面简单推荐介绍一个蛋白质间相互作用在线预测的网站。不仅可以直接输入文本内容，而且可以上传txt/html/pdf格式的整个文件(注意html/pdf格式论文会产生干扰噪值) ，值得一提的是可以和PubMed形成接口，如直接填入Session ID或PubMed Search 结果的ID。
检测两种蛋白质之间相互作用的实验方法比较
研究蛋白-蛋白相互作用是理解生命活动的基础。蛋白质—蛋白质互作网络是生物信息调控的主要实现方式，是决定细胞命运的关键因素。检测蛋白质间相互作用的实验方法有哪些？(补充：研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结1)这些检测方法各有什么优缺点？总结如下。
1. 生化方法
●共纯化、共沉淀，在不同基质上进行色谱层析（需要补充）
●蛋白质亲和色谱 基本原理是将一种蛋白质固定于某种基质上（如Sepharose），当细胞抽提液经过改基质时，可与改固定蛋白相互作用的配体蛋白被吸附，而没有吸附的非目标蛋白则随洗脱液流出。被吸附的蛋白可以通过改变洗脱液或者洗脱条件而回收下来。
GST pull down技术：为了更有效的利用蛋白质亲和色谱，可以将待纯话的蛋白以融合蛋白的形式表达，即将”诱饵“蛋白与一种易于纯化的配体蛋白融合。例如与GST融合的蛋白再经过GSH的色谱柱时，就可以通过GST和GSH的相互作用而被吸附。当载有细胞抽提物经过柱时，就可以得到能够与“诱饵”蛋白相互作用的目标蛋白了。
Epitope-tag技术：表位附加标记技术 就是将附加的抗原融合到目的蛋白以检测目的蛋白的表达，同时还可以通过亲和层析法来纯化目的蛋白。 缺点：表位附加标记可能会使融合蛋白不稳定，改变或使融合蛋白功能丧失。
以上两种方法都要共同的缺点：假阳性。实验所检测到的相互作用可能时由蛋白质所带电荷引起的，并不是生理性的相互作用；蛋白的相互作用可能并不是直接的，可是由第三者作为中介的；有时会检测到两种在细胞中不可能相遇却有极强亲和力的蛋白。因此实验结果还应经其他方法验证。
一些关于生命科学/生物方面的国外优秀教材
推荐一些生命科学方面的国外优秀教材，尤其是生物信息学，生物芯片等现代生命科学研究技术介绍。如果你感兴趣，可以到图书馆查询看看图书馆又没购买，这类教科书尤其是影印版的实在太贵了，像俺们穷学生买不起呀。
生物信息学导论：理论与实践方法《Introduction to bioinformatics: A Theoretical and Practical Approach》
简评: 生物芯片和其他大量科学技术的出现，导致基因组革命的兴起，同时产生了大量复杂的生物学数据。我们要想从这些海量的数据中得到有用的信息，就必须对数据进行整理、加工、分析。生物信息学正是顺应这一需要出现的。在《生物信息学导论：理论与实践方法》一书中，介绍了重要的生物学、数学、统计学和计算机概念和工具。物理学家和生命科学工作者在理解和分析数据时，这些概念和工具必不可少。
对物理学家和计算机学家来说，该书提供了一个很好的生物学背景知识，可以帮助他们理解生物学家运用计算机工具时所提的问题。例如，书中讲述了细胞的基本结构，基因组的生物学意义，影响基因远距离调控的元件，疾病的分子遗传机理等。此外，书中还收集了临床人类遗传学综述，各种临床数据库，及群体遗传学中相关的观点。
同时，该书还为生物科学家介绍了支持多种高级计算机工具的UNIX操作系统，及基于UNIX系统的工具的安装和管理，使生物科学家在应用计算机时如鱼得水。 阅读全文…
Cell Research 2008最新影响因子超过4
还记得去年(也就是2007年统计的2006的影响因子)Cell Research(中科院上海生科院(SIBS)生化细胞所主办)的影响因子还不到3.5，今年(也就是2008年统计的2007的影响因子)Cell Research impact factor一举突破超过4，令人兴奋。咱们自己主办的期刊IF提高，不仅说明期刊编辑水平的提高与被认可，也从另一个侧面说明了我国生命科学研究取得了长足的进步，在国际上享有一定的认同感。
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影响因子崇拜：评价科研论文莫入误区
最近，中国科学院院士王鼎盛对我国物理论文和期刊的情况做了些分析，没想到有了几个意外的发现。 参与《中国物理快报》编辑工作24年，王鼎盛知道国内的作者喜欢把论文投到影响因子较高的期刊，尤其是国外的期刊。一方面是这些作者认为，同样的论文投到影响因子较高期刊可能受到重视的程度更高；另一方面是国内不少机构在评价科研论文的价值时，往往习惯于看它发表在哪个期刊，那个期刊的影响因子是多少，甚至据此发奖金、定职称。 阅读全文…
关于论文作者排名:过分强调？
这是一篇以前贴在msn spaces上的一篇关于论文作者的文章，打算把那边的文章都转到这边来，本来想翻译一下的，也懒得翻译了，今天又看了一遍，加下注释吧，这篇英语文章还是很容易懂的。以后有时间再说吧。
气相色谱检测器研究进展
过几天就毕业离校了，有很多不舍，今天出去搓了顿饭，这几天也没好好更新内容。翻看以前写的课程论文，顺便把这篇当时仪器分析论文贴上来，纪念下，呵呵。 气相色谱工作基本原理主要就是气相色谱检测器的工作原理了吧，简要综述之。虽然当时写时很大一部分都是摘抄的。
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