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2008世界大学科研论文质量评比国内各地区排名。 阅读全文 »

在上一篇日志中简要介绍了一下台湾财团法人高等教育评鉴中心基金会去年针对世界大学科学研究论文进行质量表现评比，首度研发推出「世界大学科研论文质量评比」排名系统 (HEEACT Ranking)，从「学术生产力」、「学术影响力」及「学术卓越性」三大评估面向，发布世界大学科研论文质量评比:2008世界科研论文排名，列出世界前五百大名单，以中英文分别公布于网站。

有些读者发信询问是否有英文原文或者什么PDF格式下载，看来大家对这个排名还是很感兴趣的。很简单，今天到「世界大学科研论文质量评比」系统官方网站HEEACT ranking进行查询。

ranking review in english

2008 Performance Ranking of Scientific Papers for World Universities 

Methodology

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为了解台湾研究型大学的学术竞争力，台湾财团法人高等教育评鉴中心基金会去年首度研发推出「世界大学科研论文质量评比」排名系统 (HEEACT Ranking)，从「学术生产力」、「学术影响力」及「学术卓越性」三大评估面向，针对世界大学科学研究论文进行质量表现评比，列出世界前五百大名单，以中英文分别公布于网站。其中台湾5校进前500大，大陆高校方面清华大学 (152名),北京大学 (164名),香港大学 (173名)。

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奥运会已经结束，而与此同时，在2008年北京奥运会开幕之际，与《自然》、《科学》并列的国际顶尖杂志《细胞》刊登专题文章《中国科学三十周年》（Science in China: 30 years on）介绍中国的生命科学。“从国家对于体育的财政投入来看，从1998年开始体育的投入不断增加，到2006年和2007年每年都将近90亿美元。这个数字是惊人的，从1998到现在每年都超过了国家对于基础科研的投入”。一个国家的科研实力，决定了这个国家发展的最大源动力。我们金牌拿到了第一，怎样在科研领域拿到更多的“金牌”？这也许是一个值得深思的问题。但不管怎样，就纵向比较而言，在生物科学领域，近年来我国对其科研尤其是基础研究的资金投入正在逐年稳步增加。

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蛋白质-蛋白质相互作用图谱能对细胞功能和蛋白组机制提供有用信息。除了在线预测蛋白相互作用外，通过比较具有相对专一性语义关系的的两基因语义注释(Gene Ontology terms, GO)的相似性，可以得到重建酵母蛋白互作网络图谱的新方法。为了验证这种方法的有效性，利用高置信蛋白互作标准数据校正确认。

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蛋白质-蛋白质间互相作用(Protein–protein interaction, PPI)信息提取与分析已成为文本提取( bio-text mining,也叫文本挖掘)重要领域，因为这些蛋白-蛋白间互作信息是理解生物过程的关键。目前网络上可利用的开放系统还很少，而且很多是基于单纯的关键词预测方法。

下面简单推荐介绍一个蛋白质间相互作用在线预测的网站。不仅可以直接输入文本内容，而且可以上传txt/html/pdf格式的整个文件(注意html/pdf格式论文会产生干扰噪值) ，值得一提的是可以和PubMed形成接口，如直接填入Session ID或PubMed Search 结果的ID。

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研究蛋白-蛋白相互作用是理解生命活动的基础。蛋白质—蛋白质互作网络是生物信息调控的主要实现方式，是决定细胞命运的关键因素。检测蛋白质间相互作用的实验方法有哪些？(补充：研究蛋白质与蛋白质相互作用方法总结1)这些检测方法各有什么优缺点？总结如下。 阅读全文 »

推荐一些生命科学方面的国外优秀教材，尤其是生物信息学，生物芯片等现代生命科学研究技术介绍。如果你感兴趣，可以到图书馆查询看看图书馆又没购买，这类教科书尤其是影印版的实在太贵了，像俺们穷学生买不起呀。

生物信息学导论：理论与实践方法《Introduction to bioinformatics: A Theoretical and Practical Approach》

简评: 生物芯片和其他大量科学技术的出现，导致基因组革命的兴起，同时产生了大量复杂的生物学数据。我们要想从这些海量的数据中得到有用的信息，就必须对数据进行整理、加工、分析。生物信息学正是顺应这一需要出现的。在《生物信息学导论：理论与实践方法》一书中，介绍了重要的生物学、数学、统计学和计算机概念和工具。物理学家和生命科学工作者在理解和分析数据时，这些概念和工具必不可少。

    对物理学家和计算机学家来说，该书提供了一个很好的生物学背景知识，可以帮助他们理解生物学家运用计算机工具时所提的问题。例如，书中讲述了细胞的基本结构，基因组的生物学意义，影响基因远距离调控的元件，疾病的分子遗传机理等。此外，书中还收集了临床人类遗传学综述，各种临床数据库，及群体遗传学中相关的观点。

同时，该书还为生物科学家介绍了支持多种高级计算机工具的UNIX操作系统，及基于UNIX系统的工具的安装和管理，使生物科学家在应用计算机时如鱼得水。 阅读全文 »