基于文本的在线预测蛋白相互作用网站
蛋白质-蛋白质间互相作用(Protein–protein interaction, PPI)信息提取与分析已成为文本提取( bio-text mining,也叫文本挖掘)重要领域，因为这些蛋白-蛋白间互作信息是理解生物过程的关键。目前网络上可利用的开放系统还很少，而且很多是基于单纯的关键词预测方法。
下面简单推荐介绍一个蛋白质间相互作用在线预测的网站。不仅可以直接输入文本内容，而且可以上传txt/html/pdf格式的整个文件(注意html/pdf格式论文会产生干扰噪值) ，值得一提的是可以和PubMed形成接口，如直接填入Session ID或PubMed Search 结果的ID。
该蛋白互作信息挖掘系统(Protein Interaction information Extraction system, PIE)主要原理是利用自然语言处理技术和机器识别方法来预测蛋白互作语句，准确度很高。
不过话说回来，我想文献毕竟是人写的，有时甚至晦涩难懂，可能还需要一定的人为参与校正吧，经过人高级的大脑系统地重新整理编译才真正可靠，提高可信度。
蛋白互作在线预测网站：http://bi.snu.ac.kr/pie/
韩国的一个生物智能实验室(Biointelligence Lab)。
更多信息参考下面这篇文献：
Nucleic Acids Res. 2008 July 1; 36(Web Server issue): W411–W415.
Published online 2008 July 1. doi: 10.1093/nar/gkn281.
PIE: an online prediction system for protein–protein interactions from text pdf
文章来源：睡到自然醒blog[http://www.dreamfreeblog.com]
文章链接地址: http://www.dreamfreeblog.com/text-based-protein-interaction-prediction-online-225.html 收藏本文到网摘:
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[...] 蛋白质-蛋白质相互作用图谱能对细胞功能和蛋白组机制提供有用信息。除了在线预测蛋白相互作用外，通过比较具有相对专一性语义关系的的两基因语义注释(Gene Ontology terms, GO)的相似性，可以得到重建酵母蛋白互作网络图谱的新方法。为了验证这种方法的有效性，利用高置信蛋白互作标准数据校正确认。 [...]
Очень неплохо.
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dreamfree reply on 2008-08-07 6:01 下午:
thank you for your visiting!
貌似第一个国际友人来访，找了个在线翻译网站看了下，原来意思是“非常好”
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