基于文本的在线预测蛋白相互作用网站
蛋白质-蛋白质间互相作用(Protein–protein interaction, PPI)信息提取与分析已成为文本提取( bio-text mining,也叫文本挖掘)重要领域，因为这些蛋白-蛋白间互作信息是理解生物过程的关键。目前网络上可利用的开放系统还很少，而且很多是基于单纯的关键词预测方法。
下面简单推荐介绍一个蛋白质间相互作用在线预测的网站。不仅可以直接输入文本内容，而且可以上传txt/html/pdf格式的整个文件(注意html/pdf格式论文会产生干扰噪值) ，值得一提的是可以和PubMed形成接口，如直接填入Session ID或PubMed Search 结果的ID。
该蛋白互作信息挖掘系统(Protein Interaction information Extraction system, PIE)主要原理是利用自然语言处理技术和机器识别方法来预测蛋白互作语句，准确度很高。
不过话说回来，我想文献毕竟是人写的，有时甚至晦涩难懂，可能还需要一定的人为参与校正吧，经过人高级的大脑系统地重新整理编译才真正可靠，提高可信度。
蛋白互作在线预测网站：http://bi.snu.ac.kr/pie/
韩国的一个生物智能实验室(Biointelligence Lab)。
更多信息参考下面这篇文献：
Nucleic Acids Res. 2008 July 1; 36(Web Server issue): W411–W415.
Published online 2008 July 1. doi: 10.1093/nar/gkn281.
PIE: an online prediction system for protein–protein interactions from text pdf
延伸阅读:
4 Responses to “基于文本的在线预测蛋白相互作用网站”
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[...] 蛋白质-蛋白质相互作用图谱能对细胞功能和蛋白组机制提供有用信息。除了在... dreamfreeblog.com/index.php/237.html
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Очень неплохо.
thank you for your visiting!
貌似第一个国际友人来访，找了个在线翻译网站看了下，原来意思是“非常好”
和某个网友的对话，增好玩，为神马不直接在这儿留言，加偶围脖绕了一大圈
睡到自然醒v 回复@附会: 发育 遗传 (10秒前)
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[附会]
附会 回复@睡到自然醒v:嘻嘻, 您大概做的是哪方面的? (3分钟前)
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[睡到自然醒v]
睡到自然醒v 回复@附会: [兔子] (5分钟前)
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[附会]
附会 回复@睡到自然醒v:嘻嘻, 好的, 对了, 你常上gmail不? anyway啦, 实在很感谢, 可惜我不是妹纸, 更加不是美女, 无以为报连以身相许都做不到- – (7分钟前)
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[睡到自然醒v]
睡到自然醒v 回复@附会: 他那个是在pubmed里用一些句子 filter，整合了一些蛋白库，及蛋白互作库，具体你可以看人家论文哇 http://t.cn/aojyOl (9分钟前)
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[附会]
附会 回复@睡到自然醒v:是啊, 我对生物学一窍不通, 所以我才问那些蛋白质相互作用数据库是用拓扑来做还是就这样data mining也可以算数了? (15分钟前)
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[睡到自然醒v]
睡到自然醒v 回复@附会: gtalk偶加了啊，我介绍的那个只是基于 text mining 的吧 (18分钟前)
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[附会]
附会 回复@睡到自然醒v:如果不介意可以通过我的qq好友申请或者gmail么? 我是看到您的博客上有关于ppi数据库的信息的. 我只想问所谓的数据分析是通过拓扑关系去分析ppi还是只是把数据库整理一下? 谢谢您了. (21分钟前)
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[睡到自然醒v]
睡到自然醒v 回复@附会: 不好意思啊 偶不是做PPI滴 (22分钟前)
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[附会]
附会 啊, 您好, 请问能解答一下蛋白质蛋白质相互作用的一些问题么? 如果您觉得我骚扰到您了, 跟我说一声我自动消失 (29分钟前)